Photoshop CS3 Extendedにおいて、メニュー「ファイル／Webおよびデバイス用に保存する」で保存すると、元画像と色が異なって書き出される場合がある。メニュー「編集／プロファイルの指定」で「このドキュメントのカラーマネジメントを行わない」にチェックを入れていても、プロファイルが自動的に埋め込まれてしまう。
メニュー「ファイル／別名で保存」でJPEGなどに保存した場合は、自分で設定した通りのプロファイルで書き出される。
これはCS3の「Webおよびデバイス用に保存する」が、ディフォルトでsRGBのプロファイルを埋め込む設定になっているのが原因。
メニュー「ファイル／Webおよびデバイス用に保存する」内のプリセットの右のメニューボタンで「sRGBに変換」のチェックを外すことで解決できる。
ちなみにCS2では、ディフォルトでチェックは入っていない模様。
参考：
http://forums.adobe.co.jp/cgi-bin/WebX/.3e843360